Несмотря на то, что в этом списке мы постараемся рассказать о «реально существовавших» ниндзя, вопрос о том, были ли некоторые из них настоящими ниндзя или нет, остаётся спорным и в некоторых случаях довольно сложно с полной уверенностью сказать, действительно ли они существовали.

Язаемон Кидо был ниндзя из провинции Ига (Iga), родившимся приблизительно в 1539 году. По всей вероятности, он прекрасно владел танэгасимской аркебузой (Tanegashima arquebus), разновидностью винтовки с фитильным замком. Исходя из того, что именно аркебуза была его излюбленным оружием, можно предположить, что Язаемон мастерски разбирался во взрывчатых веществах и специализировался в теппо-джутсу (teppo-jutsu), подкатегории катон но джутсу (katon-nojutsu), или способах ведения огня. Вопреки распространенному представлению, огнестрельное оружие, такое как аркебуза, было любимым оружием ниндзя и на самом деле регулярно использовались ими в их покушениях на убийство.
Однако, прославился Язаемон именно тем, как он попытался убить военно-политического лидера Ода Нобунагу (Oda Nobunaga) в 1579 году. Это покушение, которое, несмотря на то, что окончилось провалом, всё же было достаточно примечательным для того, чтобы его записали в Иранки (Iranki), исторический документ, повествующий историю ниндзя провинции Ига. В ходе покушения, Язаемон и два других ниндзя выстрелили в Нобунагу в то время как он проводил осмотр последствий своего вторжения. Они промахнулись, но, в конце концов, им удалось убить семерых людей из его сопровождения.

Киригакурэ Сайзо лучше всего известен как источник вдохновения для создания вымышленного ниндзя: Киригакурэ Сайзо, заместителя командующего из группы ниндзя, известной как «Десять храбрецов Санады» (Sanada Ten Braves), где он находился под руководством соперника и друга Сарутоби Сасукэ (Sarutobi Sasuke). Что касается реального Киригакурэ из истории, то согласно историческим записям, ниндзя из провинции Ига по имени «Киригакурэ Сайзо» (считается, что это имя является псевдонимом, используемым мужчиной по имени Киригакурэ Шикаемон (Kirigakure Shikaemon)), однажды совершил покушение на убийство военного и политического деятеля Тоётоми Хидэёси (Toyotomi Hideyoshi), вонзив копьё через пол, прямо под Хидэёси.
Покушение окончилось неудачей, и Киригакурэ был оставлен в живых при условии, что он принесёт клятву верности клану Тоётоми. На самом деле, существуют некоторые источники, свидетельствующие о том, что Сайзо был «небрежным ниндзя», который просто шпионил за Хидэёси, когда его поймали. Тем не менее, в результате того, что его поймали, он в конечном итоге предотвратил реальное покушение на Хидэёси, которое пытался совершить двойной агент Юсуке Такигучи (Yusuke Takiguchi). Это было истинной причиной того, почему его оставили в живых при условии, что он принесёт клятву верности Хидэёси.

Томо Сукесада был джонином (jonin) (мастером ниндзя) Кога (Koga), а также главой традиции школы Томо-рю (Tomo Ryu). В 1562 году Токугава Иэясу (Tokugawa Ieyasu), работавший на Ода Нобунагу, уничтожал остатки рода Имагава (Imagawa) после их поражения в Битве при Окэхадзаме (Battle of Okehazama), случившейся двумя годами ранее. Не желавшие сдаваться без боя представители рода Имагава под командованием генерала Имагава по имени Удоно Нагамочи (Udono Nagamochi) окопались в замке Каминогоу (Kaminogou), расположенном в исключительно стратегически благоприятном месте, над обрывом.
Взятие замка представлялось довольно сложным для Токугава Иэясу, особенно исходя из того, что Имагава взяли в заложники несколько членов его семьи. Поэтому, Иэясу нанял 80 ниндзя школы Кога, во главе с Сукесада для того, чтобы прокрасться в замок к Имагава. Работая вместе с Хаттори Хандзо (Hattori Hanzo), Сукесада и 80 ведомых им ниндзя Кога прокрались в замок, подожгли башни и убили 200 человек, составлявших гарнизон, включая генерала. Это событие детально описано в фудоках о провинции Микава (Mikawa Go Fudoki).

Согласно легенде, Фудзибаяси Нагато был одним из трёх величайших джонинов Ига, наряду с Момочи Сандаю (Momochi Sandayu) и Хаттори Хандзо. Он также был одним из руководителей ниндзя Ига, наряду с Момочи Сандаю. Помимо этого, о нём известно совсем не многое. В 1581 году Ода Нобунага начал яростное нападение на провинцию Ига, которое получило название Война Тэнсё Ига (Tensho Iga War). В результате этого нападения, кланы ниндзя Ига и Кога были почти полностью истреблены. Выжившим ниндзя пришлось перейти на службу Токугава Иэясу, а Нагато был убит во время нападения.
Тем не менее, несмотря на то, как мало мы знаем о его жизни, Нагато, на самом деле оставил после себя важное наследие: его потомки в конечном итоге собрали знания о Ниндзюцу (ninjutsu), которые он оставил после себя, и создали руководство по Ниндзюцу под названием Бансэнсюкай (Bansenshukai). Бансэнсюкай это многотомный сборник «секретов» и приемов ниндзя, написанных родом Фудзибаяси. Большая часть информации о ниндзя, имеющейся у нас на сегодняшний день, была получена из этого сборника.

Чийоме Мочизуки вполне возможно является самой широко известной куноити (kunoichi) (женщиной-ниндзя) из всех. Она была аристократкой, женой самурая военачальника Мочизуки Нобумаса (Mochizuki Nobumasa), и, по слухам, была родом из рода ниндзя Кога. В какой-то момент в течение 16-го века, её муж был на войне, и Чийоме осталась на попечении дяди мужа, известного даймё Такэда Сингэна (Takeda Shingen). Сингэн вызвал Чийоме и дал ей задание завербовать женщин и начать их тренировать, чтобы они образовали подпольную сеть шпионок.
Чийоме основала штаб в деревне Нацу (Nazu) в регионе Синсю (Shinshu) и завербовала порядка 300 молодых женщин, которые в основном были сиротами, бывшими проститутками, и жертвами войны. В то время как большинство местных жителей считали, что Чийоме содержала неофициальный приют для пострадавших девушек, Чийоме на самом деле обучала их, для того, чтобы они стали частью её сложной шпионской сети. Обученные в использовании таких приёмов маскировки как мико (жрица синтоистского храма), проститутка, или гейша в целях шпионажа или убийства, сеть куноити Чийоме служила Сингэну в течение многих лет, вплоть до его загадочной смерти в 1573 году.

Несмотря на то, что ниндзя Ига и Кога не желали принимать его в свои ряды, ни один список настоящих ниндзя не был бы полным без упоминания Исикава Гоэмона. Родившийся в 1558 году Исикава Гоэмон был изгоем, который крал у богатых и отдавал бедным – он был японской версией Робин Гуда. Несмотря на отсутствие фактического подтверждения этих данных, согласно легенде, Гоэмон изначально был дженином (genin) (учеником ниндзя) Ига, и до того, как он стал нукенином (nukenin) (беглым ниндзя), обучал его Сандаю Мочизуки (Sandayu Mochizuki).
Он стал лидером группы бандитов в регионе Кансай (Kansai) и постоянно грабил богатых феодалов, священнослужителей и купцов и делился этим богатством с угнетёнными крестьянами. Предположительно, его поймали после неудавшейся попытки покушения на убийство Тоётоми Хидэёси и публично заживо сварили в 1594 году. Легенда рассказывает о том, как он держал своего маленького сына над головой стоя в кипящей воде, хотя существуют противоречащие друг другу рассказы о том, выжил ли его сын или нет.

Исикава Гоэмон из предыдущего пункта, предположительно был учеником Момочи Сандаю до того, как он стал нукенином. Момочи Сандаю был одним из основателей Ига-рю ниндзюцу (Iga Ryu Ninjutsu), и считается одним из трёх величайших джонинов Ига, наряду с Хаттори Хандзо и Фудзибаяси Нагато. Настоящим именем Сандаю было Момчи Танбе Ясумицу (Momchi Tanbe Yasumitsu), хотя согласно некоторым источникам это были разные люди. Более того, существует ряд источников, предполагающих, что Сандаю и Фудзибаяси Нагато на самом деле были одним и тем же человеком.
Однако независимо от того, кем Момочи был на самом деле, считается, что он был убит в 1581 году, когда Ода Нобунага напал на провинцию Ига в ходе Война Тэнсё Ига, в результате которой ниндзя Ига и Кога были почти полностью уничтожены. Один из способов, по которым действовал Сандаю, было содержание трёх разных домов, с тремя разными жёнами и семьями. Когда ситуация становилась неблагоприятной для него, он просто переезжал в один из двух других домов и принимал другую личность.

Род Фума уникален среди ниндзя тем, что он образовался независимо от Ига и Кога и служил роду самураев Ходзё (Hojo clan) в Одаваре (Odawara). Джонин Фума Котаро был лидером рода в пятом колене, а также самым известным из них. На тот момент, род Фума представлял собой банду из 200 раппа (rappa) (саботажников) работавших в качестве разбойников, пиратов и воров для рода самураев Ходзё. В 1580 году сын Такэда Сингэна по имени Кацуёри (Katsuyori) напал на Ходзё в замке Одавары (Odawara Castle).
Ночью Котаро и его люди тайно проникли в лагерь Такэда и вызвали столько раскола и хаоса, что люди Такэды в суматохе начали убивать друг друга. В 1590 году Ходзё были разгромлены Тоётоми Хидэёси и Фума стали обычными бандитами. Популярная (хотя, скорее всего, выдуманная) история состоит в том, что в 1596 году Котаро убил Хаттори Хандзо, но потом был предан бывшим ниндзя Такэды по имени Косака Джиннай (Kosaka Jinnai), и, наконец, обезглавлен по приказу Токугавы Иэясу в 1603 году.

Като Данзо во многих отношениях был тем ниндзя, который популяризировал мнение о том, что ниндзя обладают сверхъестественными способностями. Данзо был иллюзионистом, который, как считали многие, был настоящим колдуном. Его трюки включали в себя глотание быка перед толпой, вызывание мгновенного прорастания семян и их цветение в тот момент, когда они были брошены в землю, и даже полёты, из-за чего у него появилось прозвище Тоби Като (летающий Като). На сегодняшний день исследователи полагают, что он, должно быть, был мастером гипноза, хотя нет никакой возможности в этом убедиться.
В любом случае, репутация Като, в конце концов, привлекла внимание Уэсуги Кэнсина (Uesugi Kenshin), который решил проверить способности ниндзя. Он предложил Данзо выкрасть высоко ценимую нагинату (naginata) (длинный меч) у одного из его вассалов по имени Наоэ Канецугу (Naoe Kanetsugu). Данзо не только успешно проник в замок, находившийся под усиленной охраной, и выкрал нагинату, но также забрал с собой девушку, работавшую в замке служанкой. Впечатлённый его умениями Кэнсин предложил Данзо работу, однако Данзо, в конце концов, оказался в немилости, то ли потому что Канецугу плёл против него интриги, а может и из-за того, что он начал вызывать подозрения у Кэнсина. В конечном счёте, Данзо перешёл к противнику Кэнсина, Такэда Сингэну, однако это решение оказалось фатальным, когда Сингэн заподозрил его в том, что он был двойным агентом и приказал его убить. Данзо был обезглавлен в 1569 году.

Хаттори Хандзо, скорее всего, является самым знаменитым ниндзя всех времён. Он был вассалом и самураем на службе Токугавы Иэясу, и являлся основной движущей силой, благодаря которой Иэясу стал сёгуном (shogun) и правителем всей Японии. Хандзо, выросший в провинции Ига, впервые проявил себя в битвах 1570-ых годов. Его самый известный момент произошёл в 1582 году: Когда Ода Нобунага был убит после предательства одного из его вассалов, Акэти Мицухидэ (Akechi Mitsuhide), Токугава Иэясу вдруг оказался в весьма опасном положении в непосредственной близости от Мицухидэ. Чтобы содействовать быстрому прохождению Иэясу по провинции Ига до безопасной для него провинции Микава, Хандзо собрал своих товарищей ниндзя Ига, а также их бывших соперников из рода Кога, для сопровождения Иэясу в безопасное место.
Существуют также некоторые источники, которые свидетельствуют о том, что Хандзо помог спасти захваченную в плен семью Иэясу. Хадзо, искусный борец с копьём и отличный стратег, преданно служил роду Токугава всю свою жизнь. Под его руководством ниндзя Ига стали дворцовой стражей сёгуната Токугавы в замке Эдо (Edo), и в конечном итоге стали тайным агентством сёгуната под названием Онивабан (Oniwabanshu). После смерти Хандзо в 1596 году, его преемник взял себе имя «Хаттори Хандзо», и эта практика стала традицией для руководителей ниндзя Ига и увековечила миф о том, что Хаттори Хандзо был бессмертным