Монастырь основан св. Ферапонтом Белозёрским, учеником Сергия Радонежского по просьбе князя Андрея Можайского. Это произошло в 1408 году по прошествии 11 лет от основания им же Белозёрского Ферапонтова монастыря. Посвящение Лужецкого монастыря Рождеству Пресвятой Богородицы связано с решением самого Ферапонта. Видимо Рождество Богородицы было близко его душе, так как и Белозёрский монастырь также посвящался Рождеству. Кроме того, этот праздник особо чтился князем Андреем. Именно в этот праздник в 1380 году его отец, великий князь московский Дмитрий Иоанович сражался на поле Куликовом. По преданию, в память о том сражении его мать великая княгиня Евдокия построила в Московском Кремле Церковь Рождества Богородицы.

Первый каменный собор в честь Рождества Богородицы простоял в Лужецком монастыре до начала XVI века, после чего был разобран, а на его месте, в 1524—1547 годах, выстроен новый, пятиглавый, сохранившейся до наших дней.

Первый архимандрит Лужецкого монастыря — преподобный Ферапонт, прожив девяносто пять лет, скончался в 1426 году и был похоронен у северной стены собора. В 1547 году причислен к лику святых Русской православной церкви. Позже над его захоронением был построен храм.

Лужецкий монастырь просуществовал до 1929 года, когда согласно протоколу Мособлисполкома и Моссовета от 11 ноября был закрыт. Монастырь пережил вскрытие мощей основателя, разорение, разрушение и запустение (он стоял бесхозным ещё в середине 1980-х). В довоенный период в монастыре находились фурнитурная фабрика, цех завода медицинского оборудования. На монастырском некрополе находились фабричные гаражи со смотровыми ямами, складские помещения. В братских келиях были устроены коммунальные квартиры а здания переданы для устройства столовой и клуба воинской части.
Вики

«Позже над его захоронением был построен храм...»

Эта короткая фраза из вики и предваряет всю нашу историю.
Храм преподобного Ферапонта был воздвигнут во второй половине 17-го века т.е. уже после реформ Никона.
Все бы ничего, но постройка его сопроваждалась масштабным сбором и укладкой в фундамент храма могильных плит с окрестных кладбищ. Практика эта нашему уму не постижима, но вообще-то была довольно распространенной в старину и объясняется экономией дефицитного камня. Могильные плиты не только укладывали в основания построек и стены но даже мостили ими монастырские дорожки. Ссылки сейчас не найду но в сети можно поискать. Такие факты точно есть.

Нас же интересуют собственно сами плиты, хотя их вид заставляет задуматься только ли из экономии ресурсов их так глубоко прятали.

Но сначала сориентируемся на местности :).
Вот собственно что осталось ныне от храме преподобного Ферапонта. Этот тот самый фундамент, на который надкнулись рабочие при расчистке территории монастыря в 1999 году. Крест установлен на месте обретения мощей святого.
Весь фундамент сложен из надгробий!
Обычного камня там нет вообще.

Попутно для сторонников теории катастроф, ну той когда все засыпало :)
Часть Собора Рождества Пресвятой Богородицы (первая половина 16-го века) где виден красный кирпич — полностью находилась под землей. Причем в этом состоянии он претерпел поздние реконструкции о чем свидетельствует положение ворот. Лесница главного входа в собор — новодел, восстановленный по откопанным обломкам оригинала.